ساعت دو بامداد است و جک ريچر، ارتشي سابق، در قطار متروي نيويورک سيتي نشسته است. کمي بعد، ظاهر و رفتار مشکوک يکي از پنج مسافر توجه او را جلب مي‌کند: زني که طبق آموخته‌هاي نظامي ريچر تقريباً همه‌ي نشانه‌هاي يک بمب‌گذار انتحاري را دارد. وقتي ريچر با پيشنهاد کمک به او نزديک مي‌شود، زن تپانچه‌اي از کيفش درمي‌آورد و خودکشي مي‌کند.
اين مرگ غيرعادي مداخله‌ي فوري پليس نيويورک را در پي دارد و پس از بازجويي از ريچر به‌عنوان شاهد عيني، تصميم مي‌گيرند پرونده را بدون انجام تحقيقات ببندند. اما ريچر افکار ديگري در سر دارد. مي‌خواهد بفهمد آن شب چه اتفاقي رخ داده و چرا آن‌همه سؤالِ بي‌جواب باقي مانده است و خودش دراين‌باره تحقيق مي‌کند. پس‌ازآن مکرراً و اکيداً به او هشدار داده مي‌شود که خودش را از اين پرونده کنار بکشد، ولي عذاب وجدان او به خاطر احتمال تحريک آن زن به خودکشي موجب مي‌شود تا زماني که اين معما را تا آخر پيگيري نکرده آرام و قرار نداشته باشد. طولي نمي‌کشد که او با رازهاي بزرگي مواجه مي‌شود که مأموران فدرال و عوامل القاعده براي جلوگيري از افشاي آن‌ها حاضرند دست به کشتن بزنند...
دوازده نشانه، سيزدهمين کتاب از سري کتاب‌هاي جک ريچر اثر لي چايلد است که در سال 2009 منتشر شده است. داستان اين کتاب برخلاف اکثر کتاب‌هاي ديگر مجموعه از زبان ريچر روايت مي‌شود.